Для организации железнодорожных перевозок по территории Российской Федерации и территориям сопредельных стран ИнтерРейл Сервис сотрудничает с администрациями железных дорог Азербайджана, Армении, Белоруссии, Грузии, Казахстана, Кыргызстана, Латвии, Литвы, Молдавии, Польши, России, Таджикистана, Туркменистана, Узбекистана, Украины, Финляндии, Эстонии.
Для организации быстрого, безопасного и выгодного для клиентов сервиса ИнтерРейл Сервис использует развитую партнерскую сеть, которая включает компании на территории СНГ, стран Балтии и третьих стран, заключенные договоры с собственниками подвижного состава и морскими линиями, портовыми терминалами и агентами, крупнейшими транспортно-логистическими компаниями, контейнерными операторами.